หมู่บ้านซากาเอะก่อตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 1 เมษายน 1889 โดยการรวมกันของหมู่บ้านเล็ก ๆ 7 แห่งในอำเภอชิโมฮาบุพร้อมกับจัดตั้งระบบเทศบาลขึ้นใหม่ ในวันเดียวกันนั้น หมู่บ้านฟูกามะในอำเภออิมบะได้ก่อตั้งขึ้นจากการรวมตัวกันของหมู่บ้านเล็ก ๆ 15 แห่ง วันที่ 28 ธันวาคม 1892 หมู่บ้านซากาเอะได้รับการยกสถานะเป็นเมืองและเปลี่ยนชื่อเป็นเมืองอาจิกิ วันที่ 1 เมษายน 1955 อำเภอชิโมฮาบุถูกยุบทำให้เมืองอาจิกิได้กลายเป็นส่วนหนึ่งของอำเภออิมบะ วันที่ 1 ธันวาคม 1955 เมืองอาจิกิและหมู่บ้านฟูกามะได้ยุบรวมกันเป็นเมืองใหม่ชื่อเมืองซากาเอะ ในการปรับปรุงเปลี่ยนแปลงอาณาเขตเมื่อวันที่ 1 มกราคม 1956 เมืองซากาเอะได้ผนวกเอาส่วนหนึ่งของเมืองคาวาจิ จังหวัดอิบารากิ ซึ่งเป็นเมืองที่อยู่ติดกัน จนกลายมาเป็นอาณาเขตของเมืองในปัจจุบัน